Endogen memiliki 3 arti.
Endogen adalah sebuah homonim karena arti-artinya memiliki ejaan dan pelafalan yang sama tetapi maknanya berbeda.
Endogen memiliki arti dalam bidang ilmu geografi dan geologi dan kedokteran dan fisiologi.
Endogen memiliki arti dalam kelas adjektiva atau kata sifat sehingga endogen dapat mengubah kata benda atau kata ganti, biasanya dengan menjelaskannya atau membuatnya menjadi lebih spesifik.
Menurut Kamus Besar Bahasa Indonesia (KBBI), arti kata endogen adalah berasal atau terbentuk di dalam organisme atau salah satu bagiannya. Arti lainnya dari endogen adalah berasal dari dalam.