Filogeni memiliki 2 arti.
Filogeni adalah sebuah homonim karena arti-artinya memiliki ejaan dan pelafalan yang sama tetapi maknanya berbeda.
Filogeni memiliki arti dalam bidang ilmu linguistik dan biologi.
Filogeni memiliki arti dalam kelas nomina atau kata benda sehingga filogeni dapat menyatakan nama dari seseorang, tempat, atau semua benda dan segala yang dibendakan.
Menurut Kamus Besar Bahasa Indonesia (KBBI), arti kata filogeni adalah penyelidikan tentang sejarah dan perkembangan bahasa sebagai suatu sistem. Arti lainnya dari filogeni adalah sejarah evolusi garis keturunan suatu kelompok.